e90시리즈 m3의 s65 엔진은 매우 내구성이 좋고 잔고장이 거의 없는 것으로 유명합니다. 잔고장은 거의 없는 대신 짚고 넘어갈만한 점은 알려진 큰고장이 있다는 것입니다. 첫번째는 throttle actuator가 고장나는 문제인데, 문제가 생기면 부품을 갈아주면 해결됩니다. 다만 부품이 약 $1,000 정도의 고가이고 두개가 존재함으로 인해 총 수리비용이 상당합니다. 고장률은 그다지 높진 않지만 소모품으로 생각하시면 편합니다.

해외의 m3 포럼을 보시면 오너들이 가장 겁내는 것은 엔진 내의 로드 베어링이 마모되어 깨지는 현상인데, 이게 깨지면서 엔진 자체에 극심한 타격을 주기 때문에 엔진 자체가 죽습니다. 따라서 새 엔진으로 교체해야 하기 때문에 중고차값 한대가 들어간다고 보셔야 합니다. 다만 로드베어링이 깨지는 경우는 통계로 잡기 힘들 정도로 숫자가 적고, 저 개인적으로도 제 차를 사기 전에 10여군데의 BMW 딜러십과 정비소와 얘기해본 결과 로드베어링으로 입고된 m3를 직접 보지못했다 하여 결국 구입하게 되었습니다. 웹에서는 부정적인 문제들이 더 과장되어 보이는 것과 엄청난 수리비로 인해 더 무서워 보이는것도 있습니다. 

일부 오너들 중에는 일정 연식이나 마일리지가 되면 로드베어링을 교체하는 경우도 있습니다. 비용은 약 $3,000 정도가 들며 교체과정중 찍은 사진을 보면 꼭 높은 마일리지의 로드베어링이라고 상태가 나쁜것도 아니고 적게 달린 차라도 손상이 생긴 로드베어링이 있고 합니다. 일종의 복불복인 셈인데 대부분의 오너에게 일어나진 않지만 알고계시면 좋을 부분입니다.